Como toda obra educativa Salesiana, las IUS se inspiran en el modelo educativo pastoral Salesiano propuesto en el “Cuadro de referencia de la Pastoral Juvenil Salesiana” y poseen como documentos específicos de referencia los documentos “Identidad de las Instituciones Salesianas de Educación Superior. La puesta en práctica de las políticas se hace mediante la elaboración de Programas comunes a nivel mundial y continental.
La coordinación y la promoción del trabajo conjunto de las instituciones es dirigido a nivel mundial por el Consejo de Dirección, organismo compuesto por seis rectores provenientes de los diversos continentes y elegidos cada cuatro años por la Asamblea General, máxima instancia de coordinación de las IUS. En cuanto sector de presencia educativa Salesiana, las IUS son animadas y acompañadas por el Dicasterio de Pastoral Juvenil Salesiana, a través del servicio de la Coordinación General.
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