As IUS inspiram-se no modelo educativo-pastoral salesiano proposto no “Quadro Referencial da Pastoral Juvenil Salesiana” e conta com os seguintes documentos orientadores: “Identidade das Instituições Salesianas de Educação Superior”. A aplicação das políticas realiza-se mediante a elaboração de Programas Comuns em nível mundial e continental.
As IUS são dotadas de uma Coordenação Geral que as anima e acompanha em nome do Dicastério da Pastoral Juvenil. O Coordenador preside o Conselho de Direção, organismo formado por seis reitores provenientes dos vários continentes e regiões, que são escolhidos a cada quatro anos pela Assembleia Geral, instância máxima de coordenação das IUS.
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